Grafiken, die wie ein Wasserzeichen hinter einem Text platziert sind, sieht man in wissenschaftlichen Texten zwar eher selten, der Effekt kann aber durchaus gezielt und elegant eingesetzt werden. Schwierig wird es allerdings, wenn man eine solche „hinter den Text“ gesetzte Grafik später noch mal verändern oder löschen will. Jegliches Herumklicken mit der Maus nutzt hier nix, die Grafik lässt sich nicht markieren, man kriegt sie per Maus einfach nicht zu fassen.

Was nun? Den Text „über“ der betreffenden Grafik löschen? Kann man versuchen, dann aber vorsichtig, sonst verschwindet die Grafik gleich mit. Und anschließend die ausgeschnittenen Textfragmente wieder einfügen und womöglich neu formatieren?
Zum Glück gibt es eine einfachere Lösung:

Registerkarte „Start“  > Menüfeld „Bearbeiten” >
   Befehl „Markieren“   > Objekte markieren

Wer seine Promotion mit der Bewertung „summa cum laude“ abschließt, kann im Jahr 2010 beim Druck seiner Dissertation Geld sparen. Der Berliner Logos-Verlag bietet kostenlos eine Veröffentlichung der Dissertationsschrift in der Standardausstattung des Verlags samt fünf Freiexemplaren.
Mehr Informationen zu der Aktion “Exzellenzinitiative” unter http://www.logos-verlag.de/initiative.html
(gefunden in den Forschungsnachrichten der Universität Konstanz 01/2010)

Worüber Millionen von Kinobesuchern im Film Avatar derzeit staunen, daran arbeiten Bioinformatiker schon seit Jahren und zwar erfolgreich: Die Tiefenwahrnehmung von dreidimensionalen Objekten. Doch geht es Biologen weniger um außerirdische Zivilisationen und riesige Monster, sondern um die möglichst realistische Darstellung von kaum weniger phantastischen Strukturen der Biologie. Komplizierte Proteinmoleküle oder Strukturen von Viren werden dreidimensional.

Bildquelle: Universität des Saarlandes; Foto: bellhäuser - das bilderwerk)

Möglich macht dies die Software Ballview, die am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken entwickelt wurde. Dieses Programm kann Moleküle sehr realistisch, mit Licht, Schatten und Spiegelungen darstellen. Die stereoskopische Projektion ermöglicht es den Forschern, eine bessere räumliche Vorstellung von z.B. Proteinen oder Viren zu entwickeln. Mit Hilfe einer 3-D-Maus kann man sogar Elemente am Bildschirm verschieben oder ein- und auszoomen. Auch eine Steuerung über Kopfbewegungen (Headtracking über Infrarot-Sensoren) ist möglich. Auf der Cebit in Hannover kann man sich davon überzeugen, ähnlich wie im Film Avatar trägt man dazu eine spezielle Brille für die Tiefenwahrnehmung.

Das Schöne daran: Die Software ist frei verfügbar (”Open Source”). Durch Erweiterungen normaler Web-Browser soll daher künftig diese Art der dreidimensionalen Darstellung von Molekülen auch per Internet möglich werden. Mehr beim Informationsdienst Wissenschaft.

Nachtrag vom 04.03.2010 aufgrund eines Hinweises in den Kommentaren (Danke Bioinformatiker!): Aktuell sind an der Weiterentwicklung des Programms mehrere Arbeitsgruppen der Universitäten (bzw. Zentren für Bioinformatik) in Saarbrücken und Tübingen beteiligt.

Caleb Charland heißt der Fotograf, der eindrucksvolle Schwarz-Weiß-Aufnahmen von physikalischen Phänomenen präsentiert: Elektrizität, Pendel, Magnetismus, Auftrieb, Oberflächenspannung u.v.a. So gekonnt lässt sich Physik inszenieren!
Wer an Versuchsaufbauten, Experimenten und der Visualisierung naturwissenschaftlicher Zusammenhänge Spaß hat, sollte sich diese Fotos unbedingt anschauen. Mein Favorit: die Holzkiste mit Hufeisenmagnet.

Weil einige meiner Kunden und Besucher dieses Blogs nach ihrem Hochschulabschluss promovieren (bzw. promovieren werden), möchte ich heute mal auf ein deutschsprachiges Forum speziell für Doktoranden hinweisen. Betreiber Sebastian Veelken hat unter www.doktorandenforum.de nicht nur allerlei Tipps und Wissenswertes, Links und Literaturhinweise rund ums Promovieren zusammengetragen, sondern betreut auch ein Forum zum Thema. Hier finden sich Beiträge zu ganz verschiedenen Aspekten, die einen während der Promotionszeit beschäftigen können. Dazu gehören organisatorische, finanzielle, juristische, technische, aber manchmal auch ganz menschliche Fragen.

Ob Finden eines Doktorvaters, Wege der Literaturrecherche, -beschaffung und -verwaltung, korrektes Zitieren, Vorbereitung auf Rigorosum oder Disputation, Tücken der Prüfungsordnungen, Umgang mit Betreuern, Stipendien und Arbeitslosengeld … hier ist ein guter Platz, um sich zwanglos mit „Kollegen“ auszutauschen, Rat und Unterstützung zu holen bzw. zu geben. Eigene Unterforen bzw. archivierte Bereiche dienen u.a. der Diskussion unter externen Doktoranden, Fragen zur Anwendung von WORD in Dissertationen oder dem Angebot von Promotionsmöglichkeiten.

Der Umgangston ist angenehm und die Antworten und Tipps aus der Community sind meist recht hilfreich. Obwohl meine eigene Promotion schon einige Zeit zurückliegt, schau ich in diesem Doktorandenforum gern ab und zu rein. Pro Tag machen das im Schnitt mehr als 2.600 weitere Besucher, 1.200 Personen sind registrierte Mitglieder mit Schreibrechten.

Der Gründer Sebastian Veelken ist inzwischen selbst längst promoviert und als Justiziar beschäftigt. Dennoch betreibt er die Seiten als Ein-Mann-Projekt und in seiner Freizeit weiter. Viele Doktoranden werden es ihm danken.

Diese Woche in den Bücherhallen Hamburg entdeckt: Die Preisträger des alljährlichen Wettbewerbs der Stiftung Buchkunst sind ausgestellt. Und zwar nicht hinter Glas, in Vitrinen bestaunbar, nein, zum Anfassen und Blättern und Schmökern. Und was mich besonders freut: Unter den 47 prämierten schönsten deutschen Büchern 2009 befindet sich auch ein Biologie-Buch (nicht nur für Apotheker).

Autoren: Theodor Dingermann, Wolfgang Kreis, Horst Rimpler, Ilse Zündorf
Titel: Reinhard – Pharmazeutische Biologie 1 – Grundlagen für Studium und Praxis
Verlag: Wissenschaftliche Verlagsgesellschaft, Stuttgart
Satz: Mitterweger & Partner, Plankstadt
Druck und Buchbindung: Stürtz GmbH, Würzburg
Konzept, Typografie und Herstellung: Brigitte Bonn, Stuttgart
ISBN: 978-3-8047-2107-4
Preis: 78 Euro

Beim Verlag gibt es ein Probekapitel des Werkes zum Download. (Leider kann man auf die Liste aller prämierten Bücher nicht direkt verlinken, da die Website der Stiftung Buchkunst mit Frames und JavaScripts arbeitet.)

In diesem Video erklärt der Neurologe Vilayanur Ramachandran in etwa 7 Minuten, wie Spiegelneurone funktionieren und was das mit Zivilisation zu tun hat. Ein schönes Beispiel für gut verständlich und unterhaltsam präsentierte Wissenschaft.

Über welche Themen wurde im letzten Jahr wenig oder gar nicht in den Medien berichtet, obwohl sie brisant und von hoher Bedeutung für die Öffentlichkeit sind? Die Initiative Nachrichtenaufklärung hat in dieser Woche ihre Top 10 der Themen „im Schatten der Medienöffentlichkeit“ vorgelegt. Folgende Anliegen wurden nach Ansicht der Jury im Jahr 2009 nicht genügend berücksichtigt:

1. Notstand im Krankenhaus: Pflegebedürftige allein gelassen
2. Psychiatrie: Bundesregierung biegt UN-Konvention zurecht
3. Kriegsberichterstattung lenkt von zivilen Friedensstrategien ab
4. Rechtswidrige Anwendung von Polizeigewalt
5. Lücken der Finanzaufsicht bei Kirchen
6. Mangelhafte Deklarierung von Jodzusatz in Lebensmitteln
7. Patente auf menschliche Gene und Gensequenzen
8. Schulen für Gehörlose unterrichten keine Gebärdensprache
9. Mangelnde Kontrolle deutscher Rüstungsexporte
10. Sondermüll beim Bauen und Sanieren

Ausführlichere Informationen zu den Top 10 sowie den Hintergründen der Aktion kann man unter www.nachrichtenaufklaerung.de nachlesen.

Ziel der Initiative Nachrichtenaufklärung ist, vernachlässigte Themen stärker in das Bewusstsein von Journalisten und Öffentlichkeit zu bringen. Themenvorschläge kann jeder Bürger einreichen, sie werden geprüft und einer Fachjury aus Wissenschaftlern und Journalisten vorgelegt.

Speziell für die Biowissenschaften hat Nvidia, einer der führenden Hersteller von Grafikprozessoren, ein neues Programm gestartet. „Tesla Bio Workbench“ umfasst laut der offiziellen Pressemitteilung GPU-optimierte Applikationen und will vorkonfigurierte Computersysteme an den Forscher und die Forscherin bringen. Diese Systeme sollen dank einer speziellen Architektur von Grafikprozessoren biowissenschaftliche Berechnungen 10- bis 20-fach schneller machen.

Im Labor- und Feldalltag der meisten Biologen dürfte das kaum relevant sein. Für Wissenschaftler jedoch, die an Simulationsmodellen zu Molekulardynamik oder Quantenchemie („Computerchemie“) arbeiten oder auch mit speziellen Anwendungen der Bioinformatik klingt das interessant. Denn hier kann man nie genug Rechenpower zur Verfügung haben und Programmpakete wie GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations), LAMMPS (Molekulardynamik) oder VMD (Visualisierung und Analyse von biologischen Systemen wie Proteinen, Nukleinsäuren usw.) dürften mit den neuen Nvidia-GPUs richtig Spaß machen.

Eine „Tesla Bio Workbench“ unterm Schreibtisch mit einer Rechen- bzw. Grafikleistung, für die bis vor kurzem große Supercomputer mit Tausenden von CPUs nötig waren, da fällt dann auch ein „waiting for the data“ als Entschuldigung für den schleppenden Fortgang einer Diplom- oder Masterarbeit endgültig weg. Sofern man Studenten überhaupt an ein solches Spielzeug ran lässt.

Ein 3D-Anatomie-Modell des Gehirns zum Ausdrucken? Benötigt wird nur ein Drucker, eine Schere, Uhu und ein wenig Geduld und Geschick beim Basteln. Und voliá, so sieht mein fertiges Ergebnis aus:

Eine tolle Idee und super umgesetzt von Blogger Martin Pyka, der auch noch so freundlich ist, die in Blender als 3D-Modell erstellten Vorlagen als Bastelbögen im PDF-Format kostenlos zur Verfügung zu stellen. Eine schöne Sache für Medizin-, Biologie-, Psychologie-Studenten und jeden, der sich die Hirnregionen samt kurzer Funktionsbeschreibung schon immer mal genauer dreidimensional anschauen wollte. Da auch die Blender-Datei sowie SVG- und PNG-Formate mitgeliefert werden, kann man sich sogar den eigenen 3D-Hirnatlas nach Belieben selbst beschriften. Als Blender-Anfänger hat mich das begeistert und auch das Basteln der Papierform hat – wenngleich zum Schluss etwas pfriemelig – großen Spaß gemacht. Besten Dank, Herr Pyka!

Prozesse und Zusammenhänge in der Biologie sind oft sehr komplex. Die komplizierten Biochemie verschiedener Stoffwechselwege z.B. oder die vielfach vernetzten und kaskadenförmigen Pfaden der Signalübermittlung in einer Zelle lassen sich nur mit Mühe sprachlich beschreiben, hier bieten sich – für Lehre und Lernen – grafische Darstellungen an. Allerdings stößt das Papierformat in klassischen Lehrbüchern hier genauso an Grenzen wie ein Computermonitor. Größere Ausgabeformate sind für derlei Visualisierungen gefragt. Einen der Klassiker, das riesige Poster „BIOCHEMICAL PATHWAYS“ von Boehringer Mannheim hatte ich bereits im Blog erwähnt, heute möchte ich kurz auf die Materialien der Firma New England Biolabs hinweisen.

Ausschnitt aus dem Poster “Pathways in Human Cancer” (© Cell Signaling Technology / New England Biolabs)

Neben den verschiedenen Spezial-Katalogen (z. B. zu Immunofluoreszenz, Apoptose oder Energiestoffwechsel) sind bei diesem Biotechnologie-Unternehmen auch Poster erhältlich. Komplizierte Zusammenhänge wie der bereits genannte CST Pathway (Cell Signal Transduction) oder das komplexe Wechselspiel der verschiedenen Faktoren (Onkogene, Tumorsuppressorgene, Mutationen, Proteine, Rezeptoren, Inhibitoren usw.) bei der Krebsentstehung sind zwar auf Plakatgröße immer noch komplex, aber sich einen Überblick zu verschaffen fällt leichter. Auch solche Poster sind nicht groß genug, um alle bisher bekannten Wechselbeziehungen und Wege darstellen zu können. Sie eignen sich jedoch, um an der Wand von Labor oder Büro mal eben etwas nachzuschauen oder um interessierten Besuchern, Studenten, Praktikanten usw. einen Eindruck der größeren Zusammenhänge zu geben.

Ein Blog-Beitrag, der nur auf einen Link hinweist, ist zugegebenermaßen etwas dürftig. Doch den Hinweis auf diese Sammlung von ganz großartigen Tierfotografien möchte ich gerne in meinem Blog haben.
Anschauen. Staunen. Mund wieder schließen.