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Weltgrößte Datenbank zu Pflanzenmerkmalen geht online

BioLektor — Tue, 05 Jul 2011 09:30:08 +0000

Botaniker, Biodiversitäts- und Klimaforscher aufgepasst: Seit kurzem ist TRY, die weltgrößte Datenbank zu den Eigenschaften von Pflanzen online. Mehr als 200 Wissenschaftler haben Daten zu funktionellen Pflanzenmerkmalen zusammengetragen. Diese waren zuvor in mehr als 90 einzelnen Datenbanken verstreut. Nun sind drei Millionen Einträge zur rund einem Fünftel (70.000) aller bekannten Pflanzenarten unter TRY zu finden.

Betrieben wird die Datenbank vom Max-Planck-Institut für Biogeochemie in Jena. (Und nein, den Namen TRY kann ich auch nicht erklären, es handelt sich offenbar nicht um ein Akronym.) Die Orginalveröffentlichung wurde publiziert in Global Change Biology, gefunden habe ich die Meldung beim Informationsdienst Wissenschaft.

Chemical Abstracts: 60 Millionen Substanzen registriert

BioLektor — Fri, 27 May 2011 16:54:21 +0000

Wer je in einem Bio-, Biochemie- oder Chemie-Labor gearbeitet hat, kennt den CAS. Der Chemical Abstracts Service (CAS) ist vermutlich der wichtigste und weltweit dominierende Informationsanbieter in Sachen Chemikalien. Die CAS-Datenbank vergibt die CAS Registry Number, ein eindeutiger Schlüssel, um sich sprachübergreifend und eindeutig über chemische Substanzen “unterhalten” zu können. Die Publikationsreihe Chemical Abstracts (CA) indiziert alle Fachpublikationen und Veröffentlichungen zur Chemie.

Vorgestern gab der CAS bekannt, dass die 60-millionste Substanz registriert worden ist. Einer potenziell antiviral wirkenden Verbindung, einem Patent aus China, wurde die Ehre zuteil, diese Jubiläumsziffer zu generieren. Der vergebenen CAS-Nummer ist das allerdings nicht anzusehen, sie lautet schlicht 1298016-92-8.

Klicken auf die Grafik führt zur gelungenen Infografik der CAS-Presseabteilung.

Chromosomen-Mandalas in unserem Erbgut

BioLektor — Tue, 08 Feb 2011 21:01:17 +0000

Sie wissen, was Mandalas sind und wo diese vorkommen? Richtig, im Tibetischen Buddhismus, auf den Titelseiten von Esoterik-Büchern und in Kinder-Malbüchern. Was Sie vielleicht noch nicht wussten. Mandalas gibt es auch in der Biologie, wie die folgende Grafik zeigt (© Federico Andrea Santoni und Jeremy Luban/SNF):

Die Abbildung wirkt wie eine strahlende Sonne, visualisiert jedoch statistische Ergebnisse aus der Genetik. Die lineare Struktur eines Chromosoms des Menschen wurde dazu kreisförmig dargestellt. Die Strahlen geben die Wahrscheinlichkeit dafür an, dass ein bestimmtes Retrovirus sein Erbgut in das menschliche Genom (Erbgut) einbaut. Die farbigen Punkte zeigen die tatsächlich gefundenen Einbaustellen.

Was hier wie eine kunstvolle Spielerei wirkt, hat einen ernsten Hintergrund. Retroviren verursachen verschiedene Krankheiten, können aber auch als Werkzeuge in der Gentherapie eingesetzt werden. Wie faszinierend und gleichzeiitg schwierig solche Methoden sind und wie die Daten des Chromosomen-Mandalas helfen, Gentherapie weniger riskant zu machen, können Sie in einer Meldung des Informationsdienstes Wissenschaft nachlesen: Schweizerischer Nationalfonds SNF: Bild der Forschung Februar 2011: Erbgut-Mandalas.

Per Adventskalender durch die deutschsprachige E-Learning-Szene

BioLektor — Sun, 05 Dec 2010 18:22:13 +0000

Sie haben schon mal von ILIAS, Moodle, OLAT oder Clix gehört? Dann habe ich was für Sie. Kreative, informative und lustige Beiträge rund um das Thema E-Learning aus allen 16 deutschen Bundesländern sowie je zwei Beiträge aus Österreich und der Schweiz. Auch solche Überraschungen kann ein Adventskalender enthalten.
Eine schöne Idee und nett umgesetzt vom Tübinger Institut für Wissensmedien, den Betreibern der Plattform e-teaching.org. Wünsche allen Bloglesern einen fröhlichen zweiten Advent.

Blindtexte à la carte

BioLektor — Sun, 31 Oct 2010 19:00:00 +0000

Kennen Sie Blindtexte? Das sind mehr oder weniger sinnfreie Fülltexte, die man als Platzhalter in Webseiten oder Print-Layouts einfügt. Man erhält damit einen realistischeren Eindruck der fertigen Seiten, auch wenn der eigentliche Text noch nicht vorliegt.
Diesen kurzen, aber recht netten Blindtext entdeckte ich neulich:

Am weitesten verbreitet ist vermutlich der „Lore Ipsum“-Text. Wer sich daran satt gesehen hat, für den gibt es Alternativen. Das Online-Tool Fillerati liefert Blindtexte aus Klassikern, etwa „Alice im Wunderland“ oder „Moby Dick“. Auch Texte von Jules Verne oder H.G. Wells sind zu haben. Man wählt Autor und Titel und die Seite liefert einen Fließtext in gewünschter Länge, alternativ Überschriften oder Listen. Per Mausklick hüpft der Text in die Zwischenablage und kann unmittelbar als Platzhalter in Projekten verwendet werden.

Fillerati greift auf die Texte vom Gutenberg Projekt zurück, leider nur auf die englischen Versionen. Schaltet man auf Deutsch um, so erhält man die Übersetzungen der Google Language API. Wirklich „lesbar“ sin die deutschen Versionen daher nicht, aber als Fülltext allemal brauchbar.

Weitere Alternativen bietet der Blindtext-Generator. Hier findet man u.a. „Lore Ipsum“ auf Deutsch. Wichtiger sind die kopierbaren Typoblindtexte, die möglichst alle Buchstaben, Ziffern, Akzentzeichen usw. enthalten. Liebhabern von Märchen empfehle ich „Hinter den „Wortbergen“.

Visualisierungsmethoden als Periodensystem

BioLektor — Thu, 24 Jun 2010 16:12:50 +0000

Wer sich für Methoden der Visualisierung von Daten, Informationen, Strategien usw. interessiert (und zudem Naturwissenschaftler ist), dürfte Freude am Periodensystem der Visualisierungsmethoden haben. Die ultimative Visualisierung der Visualisierungssysteme gewissermaßen.
Meines Wissens zuerst 2007 publiziert, habe ich nun auch eine sehr schöne Online-Umsetzung gefunden. Die einzelnen Beispiele erscheinen als mouseover-Effekt. Ich will das gar nicht lange beschreiben, probieren Sie es aus und finden Sie die Systematik der Anordnung heraus.

“Ausländische” Zeichen per “deutscher” Tastatur

BioLektor — Mon, 15 Mar 2010 21:49:23 +0000

In einen Text fremdsprachige Zeichen einfügen zu müssen, kommt gar nicht so selten vor. Eine Original-Zitat aus dem Tschechischen, eine Adresse in Schweden, ein Literaturbeleg auf Spanisch, ein mathematischer Ausdruck … und plötzlich benötigt man tschechische, schwedische, griechische oder spanische Buchstaben. Manche dieser fremdsprachigen Zeichen bedürfen nur eines Kringels, Häkchens oder Strichs (diakritische Zeichen) über einem der uns Deutschen bekannten 26 lateinischen Buchstaben, andere stehen auf dem Kopf (¡) oder sehen aus wie zwei miteinander verschmolzene Zeichen (Æ, Ligaturen), wieder andere sind uns völlig fremd.

Auf einer normalen deutschen QWERTZ-Tastatur ist alles, was über Zirkumflex, Akut und Gravis hinausgeht (und für Französisch noch halbwegs ausreicht), nicht zu finden. Was tun? Dem cleveren PC-Besitzer fallen dazu gleich mehrere (vermeintliche) Lösungsvorschläge ein.
Man könnte …

… sich auf der Suche nach Sonderzeichen durch die Zeichentabelle von Windows hangeln?
… das Tastaturlayout im Betriebssystem umstellen (und wieder zurück)?
… Programme besorgen, welche Bildschirmtastaturen für fremdsprachige Zeichen erzeugen?
… spezielle Schriftarten installieren und mit Tastaturschablonen hantieren?
… Transliterationstabellen für z.B. Kyrillisch studieren?
… ein Set von Tastaturen aus aller Welt kaufen und jeweils umstecken?
… Tastaturkürzel (ALT-Kodizes) auswendig lernen? (Tippen Sie z.B. mal ALT + 0198)
… das Zeichen säuberlich per Hand schreiben und einscannen?
… auf Webseiten in der gewünschten Sprache nach passenden Buchstaben suchen?
… eine internationalen Kommunikationsagentur beauftragen?

Deutlich einfacher ist es, die Seite www.typeit.org aufzurufen. Dort findet man anklickbare Tasten in verschiedenen europäischen Sprachen. Mann kann man nicht nur zwischen Dänisch, Esperanto, Finnisch, Französisch, Isländisch, Italienisch, Norwegisch, Polnisch, Portugiesisch, Russisch, Rumänisch, Schottisch, Schwedisch, Spanisch, Tschechisch, Türkisch, Ungarisch und Walisisch umschalten, sondern auch auf Währungssymbole (Bath, Shekel, Yen, Won u.a.), viele andere Symbole und das Internationale Phonetische Alphabet (Notation für die Aussprache).

Man „tippt“ dann per Maus einfach die gewünschten Zeichen an und diese erscheinen in einem Eingabebereich, in dem man auch „ganz normale“ Zeichen dazu tippen (oder auf Deutsch umstellen) kann. Der eingegebene Text bleibt sogar erhalten, wenn man die Sprache umstellt oder noch Symbole benötigt. Ist der Text komplett, kopiert man ihn per Maus oder Tastatur in die eigenen Dokumente, Texte, Mails, Adressfelder usw.
Ein schönes Online-Tool. Und so einfach. Einfach schön!

(gefunden im nicht nur wegen dieses Tipps lesenswerten Blog webwork-tools)

Paperbrain: Wir basteln uns ein Gehirn

BioLektor — Wed, 27 Jan 2010 18:55:16 +0000

Ein 3D-Anatomie-Modell des Gehirns zum Ausdrucken? Benötigt wird nur ein Drucker, eine Schere, Uhu und ein wenig Geduld und Geschick beim Basteln. Und voliá, so sieht mein fertiges Ergebnis aus:

Eine tolle Idee und super umgesetzt von Blogger Martin Pyka, der auch noch so freundlich ist, die in Blender als 3D-Modell erstellten Vorlagen als Bastelbögen im PDF-Format kostenlos zur Verfügung zu stellen. Eine schöne Sache für Medizin-, Biologie-, Psychologie-Studenten und jeden, der sich die Hirnregionen samt kurzer Funktionsbeschreibung schon immer mal genauer dreidimensional anschauen wollte. Da auch die Blender-Datei sowie SVG- und PNG-Formate mitgeliefert werden, kann man sich sogar den eigenen 3D-Hirnatlas nach Belieben selbst beschriften. Als Blender-Anfänger hat mich das begeistert und auch das Basteln der Papierform hat – wenngleich zum Schluss etwas pfriemelig – großen Spaß gemacht. Besten Dank, Herr Pyka!

Science 2.0

BioLektor — Wed, 14 Oct 2009 13:54:39 +0000

Was bringt das sogenannte Web 2.0 für Wissenschaftler? Welche Anwendungen lassen sich auch oder insbesondere für die Kommunikation unter Wissenschaftlern nutzen (immerhin die Personengruppe, die das WWW und das Internet überhaupt erst erfunden hat)? Spannende Fragen, man kommt derzeit kaum mit, wenn man all den diversen Tools, Systemen und Applikationen halbwegs auf dem neuesten Stand bleiben möchte. Vieles erinnert zwar an populäre Vorbilder wie Facebook, Mr. Wong oder YouTube, ist jedoch teilweise recht clever und nützlich an die Bedürfnisse der “Scientific Community” angepasst.
Hier mit Eigenzitaten einige in meinen Augen recht interessante Beispiele von Portalen und Werkzeugen, die von Wissenschaftlern genutzt werden oder speziell für Wissenschaftler entwickelt wurden:

Social Bookmarking
citeulike: „free service for managing and discovering scholarly references“

Social Cataloging
connotea: „free online reference management for all researchers, clinicians and scientists“
bibsonomy: „social bookmark and publication sharing system“
PublicationList: „let researchers and research organizations maintain a reliable web-based record of their academic output without any fuss“

Social Networking
researchgate: „scientific network that connects researchers“
Nature Network: „connecting scientists worldwide, with blogs, forums, and groups”
myExperiment: „find, use and share scientific workflows and other Research Objects“

Science Blogging
Science Blogs: „Where the world discusses science“

Science Wiki
OpenWetWare: „promote the sharing of information, know-how, and wisdom among researchers and groups”

Science Videos
Scivee: „Making Science Visible”
Jove: „Journal of Visualized Experiments“

Open Source, Open Data, Open Access
The Open Science Project: „encourage a collaborative environment in which science can be pursued by anyone who is inspired to discover something new about the natural world“

Science Online 2009 – Naturwissenschaftler und Web 2.0

BioLektor — Sat, 08 Aug 2009 08:35:07 +0000

Wie wirken Internet und Web 2.0 auf die Arbeit von Forschern, Wissenschaftsjournalisten, Bibliothekaren, Ausbildern, Studenten usw.? Wie lässt sich die wachsende Zahl verschiedenartiger Online-Tools effizient nutzen? Solchen Fragen geht die Konferenz Science Online 2009 nach, die am 22. August in London stattfindet und vom Nature Network veranstaltet wird. Spannende Themen werden geboten, u. a.:

Legal and Ethical Aspects of Science Blogging
Cat herding: The challenges and rewards of managing online scientific communities
Author identity – Creating a new kind of reputation online
Citizen science – How the web enables anyone to be a scientist

Leider ist eine direkte Teilnahme nicht mehr möglich, alle Karten zur Veranstaltung sind längst ausverkauft. Man kann jedoch dennoch an der Veranstaltung teilnehmen und ohne nach London zu reisen, da die Konferenz von der Nature Publishing Group (NPG) live in die virtuelle Welt von Second Life übertragen wird. Wie das funktioniert und wie man als Avatar in Second Life den Live-Stream der Veranstaltung (zum Programm) verfolgen, Fragen stellen und mitdiskutieren kann, wird auf „How to attend Science Online London in Second Life“ erklärt.