Aus BioLektors Notizenbuch » Visualisierung

Sauerstoff als Filmstar

BioLektor — Sun, 15 Aug 2010 21:21:33 +0000

Unterhaltsam, witzig und lehrreich. Toll gemacht, dieses nette Video über Sauerstoff. Oxygen lernt auf dem Spielplatz der element-ary (!) school die anderen Elemente Helium, Eisen, Barium und Wasserstoff kennen und da passiert so allerlei. Viel anschaulicher kann man Grundwissen der Chemie vermutlich kaum erklären. Der Clip ist die Abschlussarbeit von Christopher Hendryx, einem Kunst- und Designstudent aus Florida (s.u.).

Oxygen from Christopher Hendryx on Vimeo.

This is Oxygen, produced at the Ringling College of Art + Design as my thesis for the department of Computer Animation.

Learn a little bit of basic chemistry while watching Oxygen try to make friends in Element-ary school. Expect future shorts with these characters late 2010!

Visit my website at http://particleart.com to see my reel and other work!

Sehenswert: Die tägliche Dosis Astronomie

BioLektor — Sun, 25 Jul 2010 19:55:12 +0000

Die Erde, die Sonne, der Kosmos. Merkur, Mondfinsternisse, Meteore und die Milchstraße. Das „Astronomy Picture of the Day Archive“ zeigt täglich ein neues Bild. Und das seit mehr als 15 Jahren, insgesamt mehr als 5.500 Motive aus den Archiven der US-amerikanischen Luft und Raumfahrtbehörde, bei uns besser bekannt als NASA (National Aeronautics and Space Administration).
Zu jedem Bild gibt es eine kurze Erläuterung. Eine Fundgrube für jeden, der sich nur ein klein wenig an Astronomie begeistern kann. Und eine schöne Idee, welche durch die Schlichtheit ihrer Umsetzung beeindruckt.

Europa vom Meer aus gesehen

BioLektor — Fri, 25 Jun 2010 19:53:16 +0000

Europa liegt im Meer. Ein neuer Online-Atlas der Meere zeigt dies ganz deutlich und mit vielen überraschenden Einsichten. Hier stehen einmal nicht Städte, Autobahnen, Berge oder Landschaften im Vordergrund, sondern Gewässer, Fährlinien, Tidenhub und Fischerei, Meeresschutzabkommen und Küstenerosion. Keine statische Karte, sondern in Flash umgesetzt, interaktiv und mehrsprachig. Ein Projekt der Generaldirektion Maritime Angelegenheiten und Fischerei der Europäischen Kommission.

Visualisierungsmethoden als Periodensystem

BioLektor — Thu, 24 Jun 2010 16:12:50 +0000

Wer sich für Methoden der Visualisierung von Daten, Informationen, Strategien usw. interessiert (und zudem Naturwissenschaftler ist), dürfte Freude am Periodensystem der Visualisierungsmethoden haben. Die ultimative Visualisierung der Visualisierungssysteme gewissermaßen.
Meines Wissens zuerst 2007 publiziert, habe ich nun auch eine sehr schöne Online-Umsetzung gefunden. Die einzelnen Beispiele erscheinen als mouseover-Effekt. Ich will das gar nicht lange beschreiben, probieren Sie es aus und finden Sie die Systematik der Anordnung heraus.

Wesen der Fantasie – Fauna virtueller Welten

BioLektor — Fri, 04 Jun 2010 14:35:15 +0000

Ein spannendes „Forschungsgebiet“ irgendwo zwischen Biologie und Kulturgeschichte: Die Flora und Fauna in Märchen, Sagen und bildender Kunst oder – wie mancher heute sagen würde – in Fantasy, Online-Games und virtuellen Welten.
Einige Beispiele aus älterer und neuerer Zeit:

das Drachen-Bestiar: Auf den Spuren der Drachen durch die Kulturgeschichte: Von Drachenerzählungen aus Vorarlberg über die Tierwelt des schweizer Symbolisten Arnold Böcklin bis zum Drachentöter St. Georg.
das magische Einhorn: Geschichte und medizinische Rolle des Fabelwesens in Kunst, Kultur und Wissenschaft
Biologie, Genetik und Evolution in Mittelerde. Was weiß man über die Evolution der Hobbits? Stammem Orks von Elben ab?
das Bestiarium von World of Warcraft, dem bekanntesten Online-Rollenspiels der Welt: Wird derzeit noch nicht fürs Zoologie-Studium abgefragt, aber allemal eine Fundgrube für Tierfreunde mit Hang zur Fantasy
die Wesen aus Star Wars: vom Acklay bis Zuxu (leider nur wenige Bilder)
die Fauna Pandoras: Wie? Sie haben den Film Avatar noch nicht gesehen? Ab ins Kino, es lohnt sich! (und das sagt Ihnen jemand, der eher selten ins Kino geht, weil ihm die reale Welt spannend genug ist.)

PS: Mit diesen Links möchte ich keineswegs den Eindruck erwecken, eine fiktive Tierwelt sei interessanter als das, was auf dem Planeten Erde derzeit so alles rumläuft, fliegt, schwimmt, gleitet, krabbelt, klettert, kriecht und hüpft. Die gigantische Vielfalt und Faszination der Lebensformen der sogenannten realen Welt ist einzigartig. Ebenso die Imaginationen des menschlichen Geistes.

Kirchturmuhr mit zwei Zifferblättern

BioLektor — Sun, 16 May 2010 16:56:14 +0000

Wie spät ist es? Da ich am Wochenende mein Mobiltelefon nur selten mit herumtrage und noch seltener eine Armbanduhr richte ich mich, wenn zu Fuß unterwegs, gern nach Kirchturmuhren. Doch was bitte ist das denn? Zwei Uhren? Nein, zwei Zifferblätter mit je einem Zeiger? Unten geht es bis zur römischen 12, also sind das Stunden, dann werden das oben die Minuten sein. Oder die Jahreszeiten?? Eine eigenartige Rarität der Chronometrie. Hat ein Kirchturmuhrmacher sich hier einen Spaß erlaubt?

Gesehen und fotografiert habe ich diese seltsame Uhr heute auf der Höri (Bodensee) und zwar an der Pfarr- und Wallfahrtskirche St. Genesius in Schienen. Genesius ist ein eher unbekannter Heiliger (von dem ich bis heute auch noch nie gehört hatte).

Die Kirche ist als „salierzeitliche Pfeilerbasilika“ ausgeführt und gehört neben St. Georg in Oberzell auf der Reichenau (übrigens auch in Second Life zu besichtigen) zu den ältesten und „ehrwürdigsten und eindrucksvollsten, freilich unbekanntesten Gotteshäusern am Bodensee” (Zitate aus einem Kunstführer von Matthias Köhler, erschienen im Kunstverlag Fink, Lindenberg).

Es gibt in Schienen übrigens ein jährliches Translationsfest und das ist keineswegs ein feucht-fröhliches Treffen von Übersetzern und Dolmetschern und hat auch nix mit RNA und Aminosäuresequenz zu tun (um noch einen winzigen Bezug zur Biologie zu bringen, wo Translation eine etwas andere Bedeutung hat).

Die unglaubliche Schönheit in der Welt der Zellen

BioLektor — Fri, 07 May 2010 21:10:43 +0000

In der März-Ausgabe von „Imaging & Micoscopy“ entdeckte ich einen Hinweis auf einen Photo-Wettbewerb mit faszinierenden Bildern aus der Welt des Lebendigen. Die „IN Cell Image Competition“ wurde veranstaltet von GE Healthcare Life Sciences, einem Medizintechnik-Hersteller.

Der IN Cell Analyzer ist eine Art modular aufgebautes Mikrospkop-System mit vollautomatischen Bildgebungs- und Analysetools, mit dem man zelluläre Prozesse in ihrem biologischen Umfeld beobachten kann. Er wurde ausgezeichnet mit dem renommierten Innovationspreis von Frost & Sullivan und ist vermutlich ein wunderbares ~~Spielzeug~~ Arbeitsgerät. Mehr als 80 mit dem Analyzer erstellte Bilder wurden bei dem Wettbewerb eingereicht, ~~der „product showcase“~~ die prämierten Aufnahmen sind online zu bestaunen, die vom letzten Jahr sind noch auf Flickr zu finden.

Der Clou: Die „Fotografen“ der drei Siegerbilder wurden nach New York eingeladen, wo ihre Fotos riesengroß auf dem riesigen NBC-Screen flimmerten. Zellbiologie auf dem Times Square, bitte mehr davon …

Love is in the Air: Pollen Origami

BioLektor — Sun, 25 Apr 2010 08:33:52 +0000

Frühling, die Sonne scheint, es grünt und blüht allerorten. Die einen schniefen und schlucken Antihistaminika, andere verlieben sich und schreiben Gedichte. Denn Love is in the air und Blütenstaub weht durch die Lüfte. Bei vielen Pflanzen geht es nun um Sex, was aufgrund ihrer meist ortsfesten Verwurzelung gar nicht so einfach ist.

Damit diese “long-distance relationships” bei Pflanzen funktionieren, bedarf es der Hilfe von Wind oder Insekten, die den Blütenpollen zum „Partner“ transportieren. Was die Komplexität des Designs von Pollenkörnern und die Schönheit der Pollenarchitektur damit zu tun haben, zeigt ein Video von Flora Lichtman. (Der Vorname lautet tatsächlich so )

Danke an Science Friday, wo das Video vorgestern vorgestellt wurde.

Science-Games: Puzzeln für die Wissenschaft

BioLektor — Thu, 25 Mar 2010 19:20:12 +0000

Zu Hause am Computerspiel spielen und gleichzeitig an naturwissenschaftlicher Spitzenforschung teilnehmen? Ja, das geht. Sofern man sich das Programm Foldit herunterlädt und installiert. „Solve Puzzles for Science“ heißt es dazu auf der Website des Projekts und ohne Englischkenntnisse kommt man auch „ingame“ nicht weit. Für deutschsprachige Spieler ist das deutsche Foldit-Wiki eine erste Anlaufstelle.

Es geht in Foldit um die Faltung von Proteinen, also darum, wie sich die langen Aminosäureketten im 3-dimensionalen Raum anordnen. Aus unzähligen theoretisch möglichen Anordnungen (Faltungen) die beste herauszufinden (nämlich die, die in der Natur vorkommt), ist eine der schwierigsten Aufgaben moderner Biologie, selbst Computer kommen hier an Grenzen.

In Foldit kann der Spieler ein Protein auf dem Bildschirm verändern und schrittweise optimieren. Aus der endgültigen Struktur errechnet das Programm dann einen Punktwert. Bei internationalen Wettbewerben waren solche Vorhersagen von Foldit-Spielern mehrfach besser als die Modelle, die allein von Computerprogrammen berechnet wurden. Entscheidend sind bei diesen Aufgaben die menschlichen Fähigkeiten zur Musterkennung und diese sind selbst aktueller Proteinfaltungssoftware überlegen. Nicht alles kann ein PC also besser als wir.

Entwickelt wurde der „Mix aus Crowdsourcing und Verteiltem Rechnen“, wie es in Wikipedia heißt, von der Universität Washington. Hier war schon drei Jahre zuvor das Vorläuferprogramm Rosetta@home entstanden.

Demnächst soll auch das Design von Proteinen in Foldit integriert werden. Vielleicht kann man bald im Computerspiel um z.B. die Entwicklung des besten Impfstoffs gegen eine Seuche miteinander kämpfen statt um Trophäen virtueller Monster.

3-D-Kino für Biologen auf der Cebit 2010

BioLektor — Wed, 03 Mar 2010 20:52:43 +0000

Worüber Millionen von Kinobesuchern im Film Avatar derzeit staunen, daran arbeiten Bioinformatiker schon seit Jahren und zwar erfolgreich: Die Tiefenwahrnehmung von dreidimensionalen Objekten. Doch geht es Biologen weniger um außerirdische Zivilisationen und riesige Monster, sondern um die möglichst realistische Darstellung von kaum weniger phantastischen Strukturen der Biologie. Komplizierte Proteinmoleküle oder Strukturen von Viren werden dreidimensional.

Bildquelle: Universität des Saarlandes; (Foto: bellhäuser - das bilderwerk)

Möglich macht dies die Software Ballview, die am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken entwickelt wurde. Dieses Programm kann Moleküle sehr realistisch, mit Licht, Schatten und Spiegelungen darstellen. Die stereoskopische Projektion ermöglicht es den Forschern, eine bessere räumliche Vorstellung von z.B. Proteinen oder Viren zu entwickeln. Mit Hilfe einer 3-D-Maus kann man sogar Elemente am Bildschirm verschieben oder ein- und auszoomen. Auch eine Steuerung über Kopfbewegungen (Headtracking über Infrarot-Sensoren) ist möglich. Auf der Cebit in Hannover kann man sich davon überzeugen, ähnlich wie im Film Avatar trägt man dazu eine spezielle Brille für die Tiefenwahrnehmung.

Das Schöne daran: Die Software ist frei verfügbar (“Open Source”). Durch Erweiterungen normaler Web-Browser soll daher künftig diese Art der dreidimensionalen Darstellung von Molekülen auch per Internet möglich werden. Mehr beim Informationsdienst Wissenschaft.

Nachtrag vom 04.03.2010 aufgrund eines Hinweises in den Kommentaren (Danke Bioinformatiker!): Aktuell sind an der Weiterentwicklung des Programms mehrere Arbeitsgruppen der Universitäten (bzw. Zentren für Bioinformatik) in Saarbrücken und Tübingen beteiligt.